SSH をセットアップする際には、SSH キーを生成し、ssh-agent に追加し、それから キーを自分の GitHub Enterpriseアカウントに追加します。 SSH キーを ssh-agent に追加することで、パスフレーズの利用を通じて SSH キーに追加のセキュリティのレイヤーを持たせることができます。 詳しい情報についてはSSH キーのパスフレーズを使うを参照してください。
定期的に SSH キーのリストをレビューし、不正になったものや悪用されたものを取り除くことをおすすめします。