GitHub Enterprise Server インスタンスのユーザアカウントは、認証方式を変更しても保存され、ユーザはユーザ名が変更されない限り、同じアカウントにログインし続けることができます。
新しい認証方式でユーザ名が変更される場合、新しいアカウントが作成されます。 As an administrator, you can rename users through the site admin settings or by using the User Administration API.
他に考慮しなければならない問題には以下があります。
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パスワード：インスタンスでビルトイン認証を使うように切り替えた場合、変更の完了後にユーザはパスワードを設定しなければなりません。
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サイト管理者: 管理者権限は、SAML を使う場合はアイデンティティプロバイダによって制御され、LDAP を使う場合はグループのメンバーシップによって制御されます。
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Team メンバーシップ: LDAP のみが、ディレクトリサーバからのTeam メンバーシップの制御が可能です。
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ユーザの一時停止: 認証に LDAP を使う場合、GitHub Enterprise Server へのアクセスは制限グループ経由で制御できます。 LDAPに切り替えた後、制限グループが設定されているなら、既存のユーザでこれらのグループのいずれかに属してないユーザは一時停止されます。 一時停止は、ユーザがログインするか、次のLDAP Syncの間に生じます。
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グループのメンバーシップ：認証にLDAPを使う場合、ユーザは自動的に制限グループのメンバーシップとActive Directoryのアカウントのステータスに基づいてサスペンドあるいはサスペンド解除されます。
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Git認証：SAML及びCASは、個人アクセストークンを使ったHTTPあるいはHTTPS経由でのGIt認証のみをサポートしています。 HTTPあるいはHTTPS経由でのパスワード認証はサポートされていません。 LDAPは、パスワードベースのGit認証をデフォルトでサポートしていますが、その方法は無効化して個人アクセストークンあるいはSSHキーでの認証を強制することをおすすめします。
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API認証：SAML及びCASは、個人アクセストークンを使ったAPI認証のみをサポートしています。 Basic認証はサポートされていません。
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2 要素認証: SAMLあるいはCASを利用する場合、GitHub Enterprise Server上では2要素認証はサポートあるいは管理されませんが、外部の認証プロバイダではサポートされることがあります。 Organizationでの2要素認証の強制はできません。 Organizationにおける2要素認証の強制に関する詳しい情報については「Organizationにおける2要素認証の要求」を参照してください。
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使用しているアイデンティティプロバイダ外のユーザのためのビルトイン認証：使用中のアイデンティティプロバイダに追加することなく、ユーザをGitHub Enterprise Server インスタンスで認証するよう招待できます。 詳細は「使用中のアイデンティティプロバイダ外のユーザのためにビルトイン認証を許可する」を参照してください。