GitHub Desktop conecta-se a GitHub quando você pull, push, clona e bifurca os repositórios remotos. Para se conectar a GitHub a partir de GitHub Desktop, você deve autenticar sua conta. Para saber mais, confira Autenticar para o GitHub no GitHub Desktop.
Depois de se autenticar no GitHub, você poderá se conectar a repositórios remotos com o GitHub Desktop. O GitHub Desktop armazena em cache suas credenciais (nome de usuário e senha ou personal access token) e as usa para a autenticação em cada conexão com o repositório remoto.
GitHub Desktop se conecta ao GitHub usando HTTPS. Se você usar o GitHub Desktop para acessar repositórios que foram clonados usando SSH, você poderá encontrar erros. Para se conectar a um repositório que foi clonado usando SSH, altere as URLs do remote. Para saber mais, confira Gerenciar repositórios remote.