Se o repositório do seu site do GitHub Pages contiver submódulos, o conteúdo dele será inserido automaticamente quando o site for criado.
Só é possível usar submódulos que apontem para repositórios públicos, porque o servidor do GitHub Pages não pode acessar repositórios privados.
Use a URL somente leitura https:// para os submódulos, inclusive os aninhados. Essa alteração pode ser feita no arquivo .gitmodules.