Erro: HEAD remote faz referência a um ref inexistente, não é possível fazer checkout

É simples identificar esse erro; o Git avisará quando você tentar clonar o repositório:

$ git clone https://hostname/user/repo.git
# Clonar um repositório
> Clonando em 'repo'...
> remote: Contando objetos: 66179, concluído.
> remote: Compactando objetos: 100% (15587/15587), concluído.
> remote: Total 66179 (delta 46985), reutilizados 65596 (delta 46402)
> Recebendo objetos: 100% (66179/66179), 51.66 MiB | 667 KiB/s, concluído.
> Solucionando deltas: 100% (46985/46985), concluído.
> aviso: HEAD remote faz referência a um ref inexistente, não é possível fazer checkout.

Para corrigir o erro, você precisa ser o administrador do repositório em sua instância do GitHub Enterprise Server. Você deverá alterar o branch padrão do repositório.

Depois de fazer isso, você obterá uma lista de todos os branches disponíveis a partir da linha de comando:

$ git branch -a
# Lista TODOS os branches
>   remotes/origin/awesome
>   remotes/origin/more-work
>   remotes/origin/new-master

Em seguida, mude para o novo branch:

$ git checkout new-master
# Criar e fazer checkout de um branch rastreado
> Configuração de um novo branch mestre para rastrear novo branch mestre remote na origem.
> Alterado para um novo 'novo branch master'