关于问题
启用了 code scanning 默认设置的 security configuration 无法成功应用到使用高级设置进行 code scanning 的目标存储库。 高级设置均根据存储库的特定安全需求定制，因此不应大规模重写这些设置。
如果尝试将启用了 code scanning 的 security configuration 应用到已使用高级设置的存储库，则将会启用如下所示的安全设置：
- 不会启用 Code scanning 默认设置，高级设置会继续正常运行。****
- 将启用配置中启用的其他所有安全功能。****
- security configuration 不会附加到存储库，因为仅启用了配置中的某些功能。****
对于没有处于活动状态的高级设置的所有存储库，将会按照预期应用 security configuration，并将会启用 code scanning 默认设置。
注意：如果存储库的高级设置被视为处于非活动状态，则仍会为该存储库启用默认设置。****__ 如果存储库满足以下任一条件，则存储库的高级设置将被视为处于非活动状态：
- 最新的 CodeQL 分析已超过 90 天
- 所有 CodeQL 配置均已删除
- 工作流文件已被删除或禁用（仅适用于基于 YAML 的高级设置）
解决问题
有两种方法来解决此问题：
- 更新受影响的存储库，以便在存储库级别对 code scanning 使用默认设置，然后将 security configuration 重新应用到存储库。**** 有关详细信息，请参阅“配置代码扫描的默认设置”。
- 创建新的自定义 security configuration，并且其中不包含 code scanning 的设置，然后将此 security configuration 应用于使用高级设置的存储库。**** 有关详细信息，请参阅“删除自定义安全配置”。